Сотрудничая с наемниками полковник Дегтярев успешно уничтожает лагерь миротворцев в Припяти. Из информации, добытой в лагере, он узнает о незаконной деятельности миротворцев, на территории Зоны Отчуждения. Однако, в документации миротворцев не сказано ни слова о произошедшем глобальном пси-выбросе. Тайна этого выброса так и осталась закрытой. СБУ посчитало информацию о деятельности миротворцев достаточно ценной и было решено объявить, что задание Дегтярева успешно выполнено. Но, Дегтярев так и не вернулся - во время крупного рейда группировки "Монолит", он пропадает в районе ЧАЭС. Многие сталкеры, которые знали о тех событиях, уже не считали Дегтярева в живых. Противостоять группировке "Монолит" было практически невозможно. Примерно через неделю в Зону приходит новый сталкер. Имя его - Олег Дегтярев. Его цель - Найти брата.
Пройдя этот сюжет, вы пройдете путь формирования характера - из новичков в легендарные сталкеры.

- Общее количество новых локаций (18)
Список новых локаций:
- Окрестности «Юпитера»,
- Путепровод «Припять-1»,
- Саркофаг,
- Лес,
- Миротворческий Корпус (Предбаник от AMK),
- Припять (Вариант из "Зов Припяти"),
- Лаборатория X8,
- Управление Монолитом,
- Топь (Билдовские болота),
- Мёртвый Город,
- Радар,
- Бар,
- Тёмная лощина,
- Дикая территория,
- Пещера.
- Остальные локации, пусть будут вам сюрпризом.
- Все локации полностью заселены мутантами и лагерями сталкеров и готовы к наполнению сюжетом.

Высокое качество реализации квестов. Все квесты поданы оригинально и интересно. Квестов на поиск предметов очень мало, однако они прикрашены рандомностью, что делает их тоже интересными. Стоит выделить следующие, особо интересные типы квестов:
- Доставка груза на транспорте;
- Уничтожение патрульного вертолета;
- Поджог леса;
- Погони на машинах (некоторые квестовые NPC тоже научились пользоваться транспортом).

- Случайное появление квестовых предметов. Когда начинаете выполнять квест, вы не можете знать точного местоположения необходимых предметов. Дается наводка на район, в пределах которого должен появиться предмет.
Рандомность
- Награды за квесты выдаются случайно.
- В начале игры, экипировка главного героя генерируется случайно.
- Случайное наполнение тайников и разбиваемых ящиков.
- Случайные аномалии на локациях.
Огромное количество новых визуалов NPC

Ранговая система
- Скрипт, для новой ранговой системы, был написан с нуля.
- Ваш ранг будет расти за количество убитых врагов и выполненных заданий. При выдаче ранга, учитываются сила оружия, опыт врага и его удаленность.
- За нечестную стрельбу в упор, ранг не выдается.
- За провал заданий и убийство друзей, ранг отбирается.
- За попадание в аномалию, ранг отбирается.

Медицина
- Аптечки не лечат мгновенно. После использования аптечки, начинается постепенный процесс лечения.
- Лечение не проходит бесследно и сопровождается эффектами болезненного сердцебиения.
- Во время процесса лечения, нельзя повторно пользоваться аптечками.
- Сильное ранение может сбить процесс лечения.
8. HUD
- Миникарта заменена на очень удобную динамическую квестовую метку.
- Динамический HUD противогазов. Противогаз разбивается от повреждений и намокает под дождем.

Предметы
- Будьте осторожны, когда идете в вылазку за артефактом! При взятии артефакта, может не слабо ударить аномальной энергией по мозгам!
- Эффекты от использования предметов, как в "Зов Припяти".
- Спавн артефактов в аномалиях. Артефакт может появиться в любой аномалии, причем, если аномалия переместится в другое место, то найти артефакт станет намного труднее.

Мародерство
- Возможность снимать броню и деньги с трупов.
- Качество снимаемой брони зависит от количества и тяжести ранений и опыта владельца (у новичков снаряга еще новенькая, а вот ветераны не в первый рейд идут с этой снарягой).
- Другие NPC тоже могут снимать броню с трупов и переодеваться в новую броню.

Звуки
- В лагерях размещены магнитофоны. В магнитофонах имеется около 30 треков.
А также множество других мелких изменений. Также, учтены и устранены все ошибки первой части.

Сохранения у костра (Значительно ограничивает права игрока. Не понравилось практически ни кому. Удалено),
Толпы зомби (Превращает игру в тупое мочилово. Удалено. После пси-выброса произошло достаточно не малое количество времени. Этим еще можно логически объяснить причину удаления толп зомби.),
Хардкор (Мешать хардкор с сюжетом - очень плохая идея, т.к. одно мешает другому. Во второй части, хардкор полностью убран).